Митрополит Нафанаил (в миру - Николай Захарьевич Троицкий) родился 30 октября 1864 в области Войска Донского в семье священника Донской епархии. Русский.
1866 г. - окончил Донскую духовную семинарию и поступил в Киевскую духовную академию.
1887 г.- уволен, согласно прошению, из академии.
17 апреля 1888 г. - рукоположен во священника к Покровской церкви Слободы Анастасьевки. Здесь же он состоял заведующим и законоучителем церковно-приходской школы и школы грамоты. Некоторое время проходил должность наблюдателя тех же школ.
1893 г. поступил в Казанскую духовную академию.
16 ноября 1896 г. пострижен в монашество ректором академии архимандритомАнтонием (Храповицким).
В 1897 г. окончил академию со степенью кандидата богословия и назначен преподавателем Таврической духовной семинарии. В этом же г. возведён в сан архимандрита и определен ректором Олонецкой духовной семинарии.
В 1898 г. — председатель Олонецкого Епархиального Училищного Совета.
С 1902 г. — ректор Тамбовской духовной семинарии.
29 февраля 1904 г. хиротонисан во епископа Козловского, викария Тамбовской епархии.
Хиротония состоялась в Санкт-Петербургской в Александро-Невской Лавре.
С 31 октября 1908 г. — епископ Уфимский и Мензелинский.
С 17 апреля 1912 г. — епископ Архангельский и Холмогорский.
Был участником Поместного Собора Российской Православной Церкви 1917—1918 годов.
В 1918 г. возведен в сан архиепископа.
В годы гражданской войны владыка Нафанаил не возвращался в Архангельск, поручив временное управление епархией викарному епископу Пинежскому Павлу.
В 1921 г. назначен на Харьковскую и Ахтырскую кафедру.
В мае 1922 г. арестован большевицкой властью. В октябре 1922 г. выслан из Харькова в село Большие Котлы Московской губернии.
В 1924 г. возведён в сан митрополита. 21 мая 1924 г. включён в состав Священного Синода при святейшем Патриархе Тихоне.
В 1924 г. арестован.
1927 г. - временно управлял Воронежской епархией. В этом же году уволен на покой.
Скончался 7 апреля 1933 г.. Согласно его завещанию, был отпет как мирянин и погребен в селе Акулово ст. Перхушково (Отрадное?), Белорусской железной дороги, за алтарём Покровского храма.