Сергей Николаевич Котов родился 10 октября 1912 года в городе Козлове (Мичуринске) Тамбовской губернии в семье рабочих. Окончил 9 классов ФЭС № 3 (ныне школа № 18).
Работал слесарем, помощником машиниста в паровозном депо станции Кочетовка.
В 1937 году окончил Ленинградское Военно-морское училище им. М.В.Фрунзе, в 1941 году - Высшие специальные курсы командного состава ВМФ.
В годы Великой Отечественной войны командовал Черноморским дивизионом торпедных катеров, участвовал в обороне Севастополя и Одессы, освобождении Новороссийска и Крыма.
Успешно выполнял ответственные боевые задания. 16 мая 1944 года присвоено звание Героя Советского Союза.
После Великой Отечественной войны продолжает службу в ВМФ. Контр-адмирал.
С 1970 года - в запасе.
Награждён орденами Ленина, Красного Знамени, Отечественной войны 1 степени, Нахимова 2 степени, Красной Звезды, медалями.