Дом музей Павла Яковлева находится в Основном питомнике Мичурина, недалеко от Дома-музея Мичурина. Дом-музей Яковлева является филиалом краеведческого музея.
Сам музей - это двухэтажный деревянный дом на территории Основного питомника И.В. Мичурина, в котором с 1952 (с года его постройки) до 1957 года жил известный учёный, один из учеников Ивана Владимировича, академик РАСХН Павел Никанорович Яковлев.
После смерти П.Н. Яковлева в доме проживала семья его сына Станислава Павловича. В 1980 году она получила квартиру в доме на ул. Тамбовской. После этого в доме размещалась контора Основного питомника, лаборатория. А в 90-х годах здесь поселились семьи сотрудников ЦГЛ – Черных, Сизова, Невзоровой. В 2004 году, когда отмечалось 150-летие со дня рождения И.В. Мичурина, по инициативе мэра города В.Н. Макарова город выкупил у ЦГЛ этот дом, и было принято решение о его освобождении. После того, как жильцов переселили в квартиры, были предложения открыть в нём гостиницу, ресторан. Однако было решено создать здесь музей.
Родственники выдающихся учёных-садоводов С.Ф. Черненко, В.И. Будаговского, П.Н. Яковлева передали в музей их личные вещи, документы, фотографии.