Владыка Ионафан (Кополович), в миру Иван Михайлович Кополович родился 8 июня 1912 в селе Олешник Австро-Венгерской Империи (ныне Виноградовский район Закарпатской области Украины). Русин.
Отец Михаил Иванович Кополович - один из активных участников движения за восстановление Православия в Закарпатье, основатель православной общины в родном селе, за что был арестован австро-венгерскими властями, участник Мараморош Сиготского процесса 1913—1914 годов.
В 1919-1938 гг. – территория Закарпатья была в составе Чехословакии.
1923 г. - окончил начальную школу.
1927 г. - окончил 4 класса гимназии в Ужгороде.
1932 г. - окончил духовную семинарию в г. Сремские Карловцы, Югославия.
21 ноября 1933 года рукоположён во диакона, став клириком Сербской Православной церкви.
7 января 1935 года — протодиакон.
С 1 октября 1935 по 29 февраля 1936 года служил солдатом в чехословацкой армии.
19 апреля 1936 года в Мукачеве рукоположён епископом Мукачевским и Пряшевским Дамаскином (Грданички) во иерея.
В 1938-1945 гг. – территория Закарпатья была в составе Венгрии.
С 1941 года - преподаватель гимназии в г. Хусте.
В 1945 г. Закарпатье было передано в состав СССР (советское руководство включило Закарпате в состав Украины).
В 1945 г. владыка перешёл из Сербской в Русскую Православную Церковь.
С 1945 года — секретарь Мукачевского епархиального управления (Московский Патриархат).
С 1949 года - благочинный православных приходов в Венгрии.
С декабря 1954 года — секретарь Мукачевского епархиального управления и настоятель кафедрального собора.
С июня 1955 года — Генеральный викарий (помощник епископа) Прешевской епархии автокефальной Чехословацкой Православной Церкви.
В 1961 году окончил Прешевский Богословский Православный факультет.
С 1963 года — доктор богословия.
В 1964 году овдовел и в конце года вернулся в СССР. Принят на работу в Отдел внешних церковных сношений.
12 ноября 1965 года пострижен в монашество.
14 ноября 1965 г. - возведён в сан архимандрита.
28 ноября 1965 года хиротонисан во епископа Тегельского, викария Среднеевропейского Экзархата.
С 23 июня 1966 по 7 октября 1967 года — временно управлял Берлинской епархией и исполнял обязанности Экзарха в Средней Европе.
С 7 июля 1966 года по 7 октября 1967 года временно управлял Венской епархией.
С 7 октября 1967 года — архиепископ Нью-Йоркский и Алеутский, Патриарший Экзарх в Северной и Южной Америке.
10 апреля 1970 года, в связи с выводом приходов Северной Америки из состава Экзархата, освобождён от должности Экзарха Северной и Южной Америки и от управления Нью-Йоркской епархией с предоставлением ему двухмесячного отпуска.