1995 г. - из-за расформирования училища был переведён в Балашовское высшее военное авиационное училище лётчиков имени Главного маршала авиации А. А. Новикова, которое окончил в 1997 году по специальности "командная тактическая авиация, управление воздушным движением" и получил квалификацию "инженер-пилот".
1997-2007 г. - проходил службу в Орске, Рязани и Воздвиженке в должности помощника командира воздушного корабля.
2007-2009 гг. - служил командиром корабля Ту-22М3, затем командиром авиационного отряда 52-го тяжёлобомбардировочного авиаполка на авиабазе Дальней авиации Шайковка Калужской области. Участник боевых действий.
В 2002—2005 годах заочно учился в Мичуринском государственном аграрном университете по специальности "Бухгалтерский учёт, анализ и аудит", получил квалификацию "экономист".
В 2009—2010 годах служил командиром корабля, а с 2010 года — командиром авиационного отряда стратегических бомбардировщиков Ту-160 121-го тяжёлобомбардировочного авиаполка на авиабазе Дальней авиации в городе Покровск Саратовской области. Участвовал в военном параде 9 мая 2010 года, пролетев на Ту-160 над Красной площадью. Военный лётчик 2-го класса. Имеет налет на самолетах Як-52, Л-39, Ту-134УБЛ, Ту-22М3, Ту-160 более 850 часов (к сентябрю 2011 года). Выполнил 140 прыжков с парашютом. В августа 2012 года уволен из Вооружённых Сил в запас в звании подполковника.
7 сентября 2010 года был признан годным по состоянию здоровья для зачисления качестве кандидата в космонавты в отряд ФГБУ НИИ ЦПК им. Гагарина. 12 октября 2010 года решением Межведомственной комиссии по отбору космонавтов был рекомендован к зачислению на должность кандидата в космонавты-испытатели ФГБУ "НИИ ЦПК имени Ю. А. Гагарина". 1 февраля 2011 года был назначен на должность кандидата в космонавты-испытатели отряда космонавтов Роскосмоса и приступил к общекосмической подготовке (15-й набор).
17 ноября 2011 года на подмосковном аэродроме Чкаловский приступил к тренировкам в условиях невесомости, воспроизводимой на борту самолёта-лаборатории (СЛ) Ил-76 МДК. 13 марта 2012 года приступил к тренировкам по внекорабельной деятельности (ВКД) в гидролаборатории ЦПК им. Ю. А. Гагарина, которая предусматривает подготовку к типовым операциям ВКД в модификации скафандра "Орлан-МК", приспособленной для работы под водой. После окончания общекосмической подготовки был допущен к Государственному экзамену, который сдал 31 июля 2012 года.
3 августа 2012 года решением Межведомственной квалификационной комиссии по оценке подготовки кандидатов в космонавты-испытатели набора 2010 года получил квалификацию "космонавт-испытатель".
22 июня 2015 г. - утверждён в качестве дублёра казахстанского космонавта Айдына Аимбетова в экипаже корабля "Союз ТМА-18М" (10-дневная экспедиция посещения МКС), которая состоялась в сентябре 2015 года
В июле 2016 года на базе 179-го Центра МЧС в городе Богородск Московской области экипаж в составе С. Прокопьева, Олега Артемьева и Эндрю Фейстела прошел тренировки по "водному выживанию".
С 2017 года проходил подготовку в качестве командира экипажа ТПК "Союз МС-09"
6 июня 2018 г. - начался первый Прокопьева полёт в космос
Женат. Дети: сын и дочь.
Подполковник
Государственные награды:
орден "За военные заслуги"
Ведомственные награды:
медаль "За отличие в военной службе" II степени
медаль "За отличие в военной службе" III степени
медаль "За участие в военном параде в День Победы"